Фамилия Пунковская — женская форма фамилии Пунковский, а та, в свою очередь, образована по модели, характерной для польской, белорусской и украинской шляхты. Суффикс -ский/-цкий изначально указывал на принадлежность к месту или роду: «из Пункова» или «из Пунково». То есть предок носителя фамилии владел или жил в населённом пункте с названием Пунково или Пунков. Таких топонимов несколько: например, деревня Пунково есть в Псковской области, а Пунков — в Смоленской. В польском языке слово pąk означает «бутон», но в русских говорах «пунька» — это хозяйственная постройка, сарай для сена или мякины. Отсюда могли прозвать человека, жившего при такой постройке или работавшего на гумне. Прозвище Пунок или Пунька давали и по внешности — полному, круглому человеку, похожему на набухший бутон. Есть и версия, что основа восходит к диалектному глаголу «пунить» — надуваться, пыжиться, важничать. Тогда Пунковский — потомок того, кого дразнили за спесь или обидчивость. Фамилия фиксируется в западных регионах бывшей Речи Посполитой, а в России встречается редко, чаще в варианте Пунков. С точки зрения словообразования, Пунковская — типичная «географическая» фамилия, но с возможным прозвищным корнем, что делает её происхождение неоднозначным.