Фамилия Пунькова — женская форма от Пуньков, а та, в свою очередь, образована от прозвища Пунька. Разбирать её стоит с суффикса. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Пуньков буквально значит «сын Пуньки» или «из рода Пуньки». Такая модель типична для русских фамилий, сложившихся в XV–XVII веках в среде служилых людей и крестьянства.

Основа — Пунька. Это прозвище, скорее всего, произошло от диалектного слова «пуня». В северных и западнорусских говорах (псковских, тверских, новгородских) так называли небольшой сарай, клеть для сена или мякины, иногда — хлев. Пунькой могли прозвать человека, который жил в такой постройке, сторожил её или имел с ней дело. Возможна и другая версия: уменьшительная форма от имени Пуня, которое могло быть народным вариантом канонического имени Пуплий (редкое латинское имя) или производным от глагола «пунить» — в некоторых говорах «надувать, важничать». Тогда Пунька — человек с характером, склонный к гордости или плутовству.

География фамилии Пуньковых довольно узкая. Основной массив носителей сосредоточен на Русском Севере и в Вятском крае. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне с этим прозвищем в Устюжском и Сольвычегодском уездах. Это подтверждает версию о бытовом, нецерковном происхождении: в тех краях имя Пунька фиксировалось как самостоятельное, без связи с крестильным именем.

Сравнение с однокоренными фамилиями добавляет ясности. Пуньков, Пунин, Пуняев — все они восходят к одному корню, но суффиксы различают модели. Пуньков — патроним на -ов, классический для основной массы крестьянства. Пунин — форма на -ин, от основы на -а (Пуня). Такое разнообразие говорит о том, что прозвище было живым и распространённым в народной среде, а не книжным.

Социальный контекст фамилии Пунькова — крестьянский или посадский. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Это фамилия человека, чей предок жил в деревне, имел дело с хозяйственными постройками или получил прозвище за свой нрав. Никакой тайны или аристократического блеска — зато ясная бытовая история, типичная для миллионов русских семей.