По одной из них он образована от имени Пенько – одной из уменьшительной форм имени Пётр (в переводе с древнегреческого – «камень, скала»). Подобные именования нередко встречаются на Руси. Фамилии, образованные от имени Пётр и его производных, входят в десятку самых распространённых в России (на некоторых территориях до 6-7 человек на тысячу). Менее правдоподобно выглядит версия, согласно которой фамилия Пенькова ведёт начало от прозвища Пенёк. Пенёк – уменьшительная форма слова «пень». То есть прозвище Пенёк мог получить человек невысокого роста или с заурядными интеллектуальными способностями. Также не исключено, что фамилия Пенькова этимологически связана с названием населённого пункта Пеньки, откуда мог быть выходцем основатель рода Пеньковаых.