Фамилия Пенькины образована от прозвища или мирского имени Пенька. Вопреки ожиданию, основа здесь — не «пенёк» (маленький пень), а именно «пенька́»: так в старину называли грубое волокно конопли, из которого вили верёвки и канаты. Человек, получивший прозвище Пенька, мог заниматься выделкой или продажей этого сырья — ремесло было востребованным, особенно в районах, где сеяли коноплю. Второй, менее вероятный вариант: прозвище могли дать за внешнее сходство с пеньком — низкому коренастому человеку, но тогда форма, скорее всего, звучала бы как Пенёк, а не Пенька.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пенькины — буквально «дети Пеньки» или «семья Пеньки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от слов женского рода или от прозвищ на -а/-я. Фамилия не относится к дворянским — её носителями были крестьяне и посадские люди, у которых фамилии закрепились позже, в XVII–XIX веках.

Географически фамилия встречается в нескольких областях, но заметный след оставила на Вятке и в Пермском крае — регионах, где коноплеводство было развито. Вятские Пенькины упоминаются в переписных книгах XVIII века как государственные крестьяне. Стоит отличать эту фамилию от однокоренной Пенкины: там основа — «пенка» (плёнка на молоке или снятые сливки), что даёт совершенно другую историю происхождения. Если ваш предок — Пенькин, он почти наверняка был связан с канатным или верёвочным промыслом.