Фамилия Пунков — одна из тех, где внешняя простота обманчива. На первый взгляд она кажется прямой производной от слова «пунок» (уменьшительное от «пун»), но такого слова в литературном русском языке нет. Значит, корень нужно искать в диалектах, прозвищах или искажённых формах других имён.

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «пунить» или «пунять». В разных говорах это означало «надуваться», «сердиться», «ворчать» или «упрямиться». Человек с таким прозвищем — Пунок — мог быть обидчивым, капризным или, наоборот, настойчивым до упрямства. Суффикс -ок в прозвище типичен для северных и сибирских говоров, где он придаёт слову оттенок не столько уменьшительности, сколько пренебрежительности или шутливости. Фамилия образована по стандартной модели: Пунок → Пунков (чей? — сын или потомок Пунка).

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от канонического имени Пуплий (лат. Publius), которое в народной речи могло редуцироваться до «Пун». В этом случае фамилия оказывается в одном ряду с Пупковыми и Пупликовыми, но звучит грубее. Однако эта гипотеза слабее: для перехода «Пуплий → Пун» нет убедительных фонетических подтверждений в русской антропонимии.

Географически фамилия Пунков рассредоточена, но заметна в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — как раз в зоне бытования северных говоров, где слово «пунить» было в ходу. Встречается и на Урале, что объясняется миграцией северных крестьян в XVII–XVIII веках.

С точки зрения социального статуса, Пунковы в большинстве — потомки государственных или помещичьих крестьян. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано. В писцовых книгах XVI–XVII веков прозвище Пунок могло писаться и как Пунко, и как Пунка — окончание зависело от местной грамматики. Кстати, если сравнивать с однокоренными фамилиями (Пуньков, Пунин), то Пунков стоит особняком: у него нет суффикса -ин, типичного для прозвищ на -а, что косвенно подтверждает именно прозвищное, а не патронимическое происхождение от имени на -а.