Фамилия Пуньковы — случай, когда прозвище застыло в суффиксе, а корень уводит в народную речь. Основа здесь — «пунька». В русских говорах так называли невысокого, коренастого человека, а в некоторых регионах — того, кто сутулится или ходит вразвалку. Слово происходит от глагола «пунить» — надуваться, пыжиться, ходить с важным видом. Так что первый Пуньков мог быть либо приземистым крепышом, либо человеком с нарочитой осанкой, которого за глаза дразнили «пунькой».

Суффикс -ов указывает на стандартную модель русской фамилии: «чей?» — Пуньков, то есть сын или потомок Пуньки. Форма «Пуньковы» — множественное число, обозначающее весь род. Встречается и вариант «Пунькин», но он образован по другой модели (от имени Пунька через суффикс -ин) и встречается реже.

Интересно, что в ономастических работах (например, у Б. Унбегауна) фамилии с корнем «пун-» относят к числу прозвищных, образованных от диалектных слов. Прямых параллелей с крестильными именами нет — это чисто бытовое прозвище. Географически фамилия Пуньковы встречается в основном в центральных и северных областях России: в Вологодской, Костромской, Ярославской губерниях. В этих краях слово «пунька» было в ходу, что подтверждает местное происхождение.

Сословно Пуньковы, скорее всего, из крестьян или посадских людей. Фамилии на -ов в XVI–XVII веках получали в основном тяглые сословия, а вот дворяне чаще носили фамилии на -ский. Однако точных данных о конкретных дворянских родах Пуньковых нет — фамилия осталась в народной среде.

Если копнуть глубже, у «пуньки» есть ещё одно, более редкое значение — так в некоторых говорах называли мешок или куль. Тогда прозвище могло относиться к торговцу или тому, кто носил мешки. Но эта версия менее вероятна: прозвища по внешности или походке встречаются чаще, чем по предмету быта.