Фамилия Панькова образована от мирского имени Паня. Такое имя в старину давали не при крещении, а в быту, и звучало оно как ласкательное обращение к человеку. Правдоподобнее всего, что Паня — это уменьшительная форма сразу нескольких крестильных имен: Пантелеймон, Панкратий или Панфил. Все они были распространены на Руси, а в повседневной речи их обладателей одинаково звали Паней.

Если взять имя Пантелеймон, то за ним стоит греческое «всемилостивый». Панкратий означает «вседержитель», а Панфил переводится как «всеми любимый». Родители, называя сына одним из этих имен, желали ему милости Божьей, силы или всеобщей любви, а домашнее прозвище Паня закреплялось за человеком на всю жизнь. От этого прозвища и пошла фамилия: суффикс -ов указывает на принадлежность, то есть Паньков — это «сын Пани», потомок человека по имени Паня.

Впрочем, не стоит сбрасывать со счетов и другую возможность. В некоторых говорах Паней могли называть и взрослого человека, но не по имени, а по характеру — например, простодушного или медлительного. Однако для фамилии такая версия менее убедительна: имена Пантелеймон, Панкратий и Панфил встречались часто, поэтому большинство носителей фамилии Паньковы, скорее всего, ведут род от кого-то из этих святых покровителей.

Фамилия Панькова — женская форма, а мужская, Паньков, фиксируется в документах с XVII века. Встречается она преимущественно в центральной России и Поволжье, где имена Панкратий и Панфил были особенно любимы. Родственные фамилии — Панькин, Панютин, Панкратов, Панфилов — тоже хранят память о тех же древних именах, но Паньковы выделяются тем, что их предок носил именно краткое, домашнее прозвище.