Фамилия Панькин — это типичный пример русской «полуотческой» фамилии, образованной от краткого разговорного имени. Её основа — Панька, уменьшительная форма сразу нескольких крестильных имён: Пантелеймон (с греческого — «всемилостивый»), Панкратий (от древнегреческого «панкратос» — «сильнее всех») и Панфил («всеми любимый»). На Руси такие сокращения были естественным способом адаптировать длинные церковные имена в быту: Панька звучало проще и привычнее, чем полные формы, поэтому и закрепилось в обиходе.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Панькин буквально означает «сын Паньки» или «человек из рода Паньки». Такая модель — одна из самых распространённых в русской ономастике, когда от имени отца образовывали притяжательное прилагательное. В документах начала XX века встречаются носители фамилии в самых разных уголках страны: Панькин Александр Михайлович (1928 года рождения, Алтайский край), Панькин Александр Семенович (1914 года рождения, Харбин), Панькин Алексей Павлович (1890 года рождения, село Турдаково в Мордовии). Этот разброс показывает, что фамилия не имела узкой региональной привязки и была распространена повсеместно.

Существует и альтернативная гипотеза, менее вероятная, но любопытная: Панька могло быть не именем, а прозвищем от нарицательного «пан». В этом случае прозвище указывало бы на этническую принадлежность предка — выходца из польских или западнорусских земель, где «паном» называли господина или помещика. Однако эта версия уступает первой: слишком много крестильных имён дают естественную основу для Паньки, и вряд ли прозвище стало бы столь массовым. Скорее всего, перед нами именно имя, а не социальный ярлык.

Среди известных носителей фамилии выделяется актёр Алексей Панькин, что добавляет фамилии узнаваемости в культурном контексте. В целом же история Панькиных — это история простых людей, чьи предки носили одно из греческих имён, а потомки сохранили память о нём в фамилии.