Фамилия Пунан — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. Она не вписывается в типичные модели русских фамилий на -ов, -ев или -ин, что сразу указывает на её возможное нерусское или позднее искусственное происхождение.

Скорее всего, основа фамилии — прозвище или имя Пунан. В русском языке такого слова нет, поэтому корни стоит искать в соседних культурах. Одна из версий — тюркское происхождение. В некоторых тюркских языках «пунан» или близкое по звучанию слово может означать «множество», «куча» или быть вариантом личного имени. Если это так, то прозвище могли дать человеку крепкого телосложения или многодетному отцу.

Другая, менее вероятная, но возможная версия — финно-угорская. В коми-пермяцком языке есть слово «пун» — «собака». Суффикс -ан в этих языках часто образует названия предметов или существ. «Пунан» могло означать «собачий» или быть прозвищем, данным по поведению или внешнему сходству. Однако эта версия слабее, так как фамилия почти не встречается в регионах проживания коми-пермяков.

Третья гипотеза — фамилия могла возникнуть как искажённая запись другой фамилии, например, Пунин или Пунанов. При переписях и оформлении документов в XIX веке писцы нередко упрощали или коверкали сложные окончания, особенно если носитель был малограмотным.

География фамилии Пунан сегодня не привязана к какому-то одному региону России — это редкая, разрозненная фамилия. Встречается она и на Северном Кавказе, и в Поволжье, и даже в Сибири, что говорит о разном происхождении её носителей в разных местах.

Однозначно сказать, кем были предки Пунанов, нельзя. Скорее всего, это крестьяне или мещане, получившие фамилию по прозвищу, которое дали в деревне или на промысле. Точное значение слова «пунан» без дополнительных генеалогических изысканий восстановить сложно, но ясно одно: фамилия нестандартная и её носители в прошлом явно выделялись на общем фоне.