Фамилия Пунбко — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает происхождение. С первого взгляда кажется, что перед нами украинская или белорусская фамилия с суффиксом -ко, который часто встречается в этих регионах. Однако смущает основа «Пунб-», которая не похожа ни на одно распространённое имя, прозвище или ремесло. Скорее всего, мы столкнулись с искажением при записи или с фамилией, возникшей от местного, диалектного слова.

Наиболее правдоподобная версия — фамилия Пунбко образована от прозвища Пунька или Пунько. В украинских и южнорусских говорах «пуня» — это сарай, хлев, а также неопрятный, неряшливый человек (отсюда и слово «пунявый»). Прозвище Пунька могли дать либо тому, кто жил в плохом строении, либо человеку с неаккуратным внешним видом. Под влиянием «акающего» произношения или при небрежном заполнении документов буква «ь» могла перейти в «б», а «к» — в «б» (Пунько > Пунбко). Подобные искажения не редкость: в старых метрических книгах одну и ту же фамилию могли записать по-разному.

Если отбросить гипотезу об ошибке, остаётся совсем экзотический вариант: основа «пунб» может быть заимствована из какого-нибудь финно-угорского языка (например, в коми есть слово «пун» — «собака»), но это маловероятно для фамилии с типичным славянским суффиксом -ко. В любом случае, географически фамилия Пунбко с наибольшей вероятностью привязана к западнорусским или украинским землям, где суффикс -ко особенно распространён (как в фамилиях Шевченко, Коваленко, Гринько). Сама же модель образования проста: к основе прозвища добавили уменьшительно-ласкательный или фамильный суффикс, и первоначально это было родовое имя — «сын Пуньки» или «Пунькин».