Фамилия Пунченко образована по распространённой на востоке Украины и юге России модели от личного имени или прозвища Пунка. Суффикс -енко изначально указывал на отчество: Пунченко — это «сын Пунки». Со временем отчество закрепилось как фамилия, и сейчас его носители встречаются в разных регионах, включая Урал и Сибирь, куда фамилия попала вместе с переселенцами.

Мирское имя Пунка восходит к нарицательному «пунка» — так в некоторых говорах называли птицу из рода овсянок, дубровника. До крещения Руси и ещё несколько столетий после него такие имена-обереги давали детям, чтобы природа приняла ребёнка как своего. Считалось, что через имя к человеку переходят качества птицы или зверя: для овсянки это звонкий голос, ловкость, связь с полем и домом. Родители, называя сына Пункой, желали ему здоровья и удачи, а само имя должно было защитить от злых сил.

Встречается и другая версия, менее правдоподобная: связь с глаголом «пунеть» или прилагательным «пунцовый», то есть ярко-красный. Но она не объясняет суффикс и не подтверждается документальными источниками, поэтому основная гипотеза — птичья.

В документах Челябинской области упоминаются Валентина Антоновна Пунченко, родившаяся в 1933 году, и Василий Антонович Пунченко, родившийся в 1935 году, оба проживали в селе Калмыково Октябрьского района. Эти записи показывают, что к середине XX века фамилия уже прочно бытовала на Южном Урале, куда, вероятно, пришла вместе с малороссийскими переселенцами в XVIII–XIX веках.

Родственные фамилии — Пунько, Пуненко, Пунков — образованы от той же основы. Если у вас в роду были Пунченко, то, скорее всего, предки происходили из Левобережной Украины, где суффикс -енко использовался особенно активно. Точную дату возникновения фамилии назвать сложно, но массовое закрепление таких отчеств в качестве фамилий происходило в XVII–XVIII веках.