Основой фамилии Пунченко послужило мирское имя Пунка. Мирское имя Пунка берет начало от аналогичного нарицательного со значением «стренатка», то есть «птица рода овсянок; дубровник». Давая младенцу такое имя, как Пунка, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделена эта птица. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пунка, со временем получил фамилию Пунченко. Так, в документах Челябенской области упоминаются Валентина Антоновна Пунченко, родившаяся в 1933 году и проживавшая в селе Калмыково Октябрьского района Челябинской области, Василий Антонович Пунченко, родившийся в 1935 году и проживавший там же.