Фамилия Пупашвили — типичный пример грузинской модели образования фамилий, и её разбор стоит начать именно с суффикса. Компонент -швили в переводе с древнегрузинского означает «сын» или «дитя». Это один из самых распространённых фамильных формативов в восточной Грузии, особенно в Кахетии и Картли. По сути, Пупашвили — это «сын Пупы», где Пупа — личное имя или прозвище, от которого образована фамилия.

Основа Пупа в грузинской ономастике неоднозначна. Самая вероятная версия связывает её с уменьшительно-ласкательной формой имени Иустин (в грузинском произношении — Иустине) или, реже, с именем Публий, которое через греческое посредничество могло дать форму Пупа. В бытовой грузинской речи так могли называть младшего сына или любимца в семье. Менее распространённая гипотеза выводит основу из древнегрузинского слова «пупи» — «зерно», «крупица», что могло быть прозвищем мелкого, юркого человека.

Интересно, что фамилия Пупашвили встречается не только в Грузии, но и в соседних регионах — в Азербайджане и на Северном Кавказе, куда она попала с переселенцами из Кахетии в XIX веке. В русских дореволюционных документах могли фиксировать варианты написания: Пупашев, Пупашвилиев — под влиянием русской бюрократической традиции добавлять окончание -ев к иноязычным основам.

Сословная принадлежность носителей фамилии была преимущественно крестьянской, хотя в грузинских княжеских родах также встречались фамилии на -швили. Поскольку основа Пупа не связана с каким-либо известным дворянским родом или крупным феодальным владением, скорее всего, предки современных Пупашвили были свободными земледельцами или ремесленниками в восточной Грузии. Фамилия не получила широкой известности за пределами Кавказа, но сохраняет устойчивое бытование в среде грузинской диаспоры.