Фамилия Пуплякова — женская форма, а мужская, Пупляков, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов. Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Пупляк. Корень «пупл-» — вариант более распространённого «пуп-», который в русских говорах имел несколько значений. Самое прямое — пупок, пуповина, но в переносном смысле так могли называть маленького, низкорослого человека, «пупыша». В диалектах встречается и слово «пупля» — так в некоторых областях говорили о капризном или изнеженном ребёнке, «маменькином сынке».

Сам суффикс -як в основе (Пупляк) типичен для прозвищ, указывающих на характерную черту или сходство: ср. Мозгляк (от «мозглый» — хилый), Костляк, Бодряк. То есть Пупляк — это человек, которого за что-то прозвали «пупком»: за рост, за манеру держаться или за роль в семье. Фамилия Пупляков встречается нечасто, но её география привязана в основном к северо-западным и центральным регионам России, особенно к бывшим Псковской и Новгородской губерниям, где диалектные формы с корнем «пуп-» были особенно живучи.

Ударение в фамилии может колебаться: Пупляко́в (от Пупля́к) или Пу́пляков (как вариант, под влиянием фамилий на -ов с ударением на первый слог). Второй вариант, хоть и реже, встречается в документах. Стоит учесть, что в старину прозвище Пупляк могло быть не уничижительным, а скорее обиходно-ласковым, как называли младшего в семье или позднего ребёнка. Родственные фамилии — Пупков, Пупов, Пупышев — гораздо многочисленнее, но Пупляков выделяется именно редким суффиксом, который сразу указывает на прозвищное происхождение, а не на отчество от церковного имени.