Фамилия Пупокова — женская форма фамилии Пупоков, и её разбор стоит начать с суффикса. В основе лежит прозвище Пупок, а суффикс -ов указывает на принадлежность: буквально «сын Пупка» или «из семьи Пупка». Это типичная русская модель образования фамилий от прозвищ, распространённая в центральных и северных губерниях.

Корень «пуп» в русском языке многозначен. Прямое значение — пупок, пуповина, но в диалектах и народной речи слово «пупок» могло означать не только часть тела. В некоторых говорах так называли небольшой бугорок, холмик, а в переносном смысле — крепыша, коренастого человека (от «пупырь» — набухший, толстый). Прозвище Пупок могли дать человеку невысокого роста, плотного телосложения или тому, кто родился с заметной пуповиной — в деревнях такие приметы не упускали.

Менее очевидная, но возможная версия — связь с ремеслом. В южных регионах «пупком» иногда называли глиняный горшок с узким горлом или закваску для теста. Если предок был гончаром или пекарем, прозвище могло закрепиться за его занятием. Однако эта гипотеза слабее: в ономастических справочниках, например в работах Б. Унбегауна, фамилии на -ов от названий частей тела чаще связывают с внешностью, а не с профессией.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Пупко́ва, хотя в ряде регионов могли произносить Пу́пкова — от варианта прозвища Пу́пок. Географически фамилия встречается редко, сосредоточена в основном в Поволжье и центральной России, что подтверждается данными современных телефонных справочников и архивных записей XIX века — тогда носители Пупоковых числились в крестьянских и мещанских сословиях.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Пупов, Пупышев, Пупкин — показывает, что все они образованы от одного корня, но с разными суффиксами. Пупоков выделяется уменьшительным суффиксом -ок, который в прозвищах часто придавал оттенок ласкательности или иронии. В отличие от нейтрального Пупов, Пупоков могло означать «маленький Пуп» или «сын Пупа» — то есть прозвище досталось от отца, которого уже называли Пупком.