Фамилия Пупок — один из примеров, где прозвище перешло в наследственное имя без изменений, без наращивания типичных фамильных суффиксов вроде -ов или -ин. Это так называемая «нетрансформированная» фамилия, что для русского языка редкость: обычно прозвище обрастало суффиксом принадлежности (Пупков, Пупкин). Но в ряде регионов — особенно на западе и юге России, на Украине и в Белоруссии — такие формы закрепились напрямую. В украинской и белорусской традиции фамилии без суффикса встречаются чаще, поэтому носители фамилии Пупок с большой вероятностью имеют корни именно оттуда.

Прозвище Пупок, скорее всего, не имело отношения к анатомии в современном бытовом смысле. В старину «пупком» называли не только рубец на животе, но и центр, середину чего-либо (отсюда «пуп земли»). Прозвище могли дать человеку, который был в центре внимания, главой семьи или заводилой. Второй вариант — ироничное прозвище невысокого, коренастого человека, «коротышка» (по аналогии с «пупырыш»). Третья версия — профессиональная: в некоторых говорах «пупок» означал завязку, узел или крючок, и прозвище могло закрепиться за портным или рыбаком.

Фамилия не имеет отношения к дворянским родам — это типично крестьянское или мещанское прозвище. В дореволюционных переписях она встречается редко, что говорит о её локальном бытовании. В современной России фамилия Пупок распространена в Краснодарском крае, Ростовской области и на юге Украины — то есть в зонах, где активно смешивались русские, украинские и казачьи говоры.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Пупков, Пупкин, Пупов, — то Пупок стоит особняком. Все остальные образованы по модели «чей?» (чей сын? — Пупков), а Пупок — это прямое закрепление прозвища. Такая форма часто указывает на то, что предок был известен под этим прозвищем настолько, что дополнительное «отеческое» указание оказалось лишним.