Фамилия Пупик — редкий пример, где в основе лежит не имя или профессия, а слово, которое в современном языке звучит двусмысленно. Но в XV–XVII веках, когда такие фамилии только начинали закрепляться, прозвище Пупик не имело комического оттенка. Скорее всего, его дали человеку с заметной особенностью — пупком, выступающим или необычной формы. В крестьянской среде телесные признаки часто становились основой для уличного прозвища, которое потом переходило в фамилию.

По словообразовательной модели Пупик — это типичная «усечённая» фамилия без суффикса. Она образована напрямую от прозвища через нулевой суффикс, что характерно для украинской, белорусской и южнорусской традиции. В отличие от фамилий на -ов/-ев (Пупиков) или -ин (Пупикин), форма Пупик указывает на более прямое, «прозвищное» происхождение: человека так и звали — Пупик, а потом записали без изменений. Такие фамилии чаще встречаются на западе и юге России, а также в Беларуси.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «пуп» в значении «центр, середина» или даже «холм, возвышенность». В некоторых говорах «пупиком» могли называть небольшой бугорок или выпуклость на местности. Тогда прозвище могло достаться человеку, жившему на видном возвышении. Однако первая версия — по физическому признаку — всё же правдоподобнее: прозвища от частей тела в русской ономастике встречаются часто (Горбач, Носов, Щекин).

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Пупик стоит особняком. Пупов, Пупиков, Пупков — все они образованы с помощью типовых суффиксов и более распространены. Пупик же сохранил исходную форму прозвища, что делает его своеобразным «ископаемым» в мире русских фамилий. Носителей этой фамилии немного, и в основном они сосредоточены в западных областях России, а также в Беларуси.

В словарях фамилия Пупик не описана подробно, но её механизм образования хорошо вписывается в закономерности, описанные Б. Унбегауном и В. Никоновым: прозвище → фамилия без изменений, особенно в тех регионах, где долго сохранялась традиция уличных имён. Так что предки современного Пупика — скорее всего, крестьяне или ремесленники, получившие своё прозвище за внешнюю примету, которая для нас сегодня звучит неожиданно, а для них была обычной бытовой деталью.