Фамилия Пупикова — женская форма фамилии Пупиков. Её основа, скорее всего, восходит к нецерковному имени или прозвищу Пупик. В русской ономастике прозвища, образованные от частей тела, встречались нередко: Пузо, Лоб, Нос, Губа. Пупик — это уменьшительная форма от «пуп». В старину слово «пуп» имело не только анатомическое значение, но и переносное: «пуп земли», «пупок» — центр, середина, выдающаяся часть чего-либо. Так могли прозвать круглого, коренастого человека, либо того, кто считался главным в своей семье или общине, «центром» маленького мира.

Модель образования фамилии — стандартная для русских фамилий: прозвище Пупик + патронимический суффикс -ов. Суффикс указывает на принадлежность: «сын Пупика». Фамилия Пупиков (и её женская форма Пупикова) — типично русская, сформировавшаяся в крестьянской или мещанской среде, скорее всего, не ранее XVII века, когда фамилии начали массово закрепляться за податными сословиями.

Встречается фамилия Пупиков в разных регионах России, но особенно часто — в южных и центральных областях. Встречаются варианты с другим ударением: Пу́пиков и Пупико́в. Первый вариант более логичен для прозвищной основы, второй мог возникнуть под влиянием фамилий на -иков (от имён на -ик, например, Никита — Никитиков → Никитков).

Родственные фамилии: Пупов, Пупков, Пупкин, Пупочкин, Пупышев (от «пупыш» — шишка, нарост). Все они — из одного семантического гнезда, но Пупикова стоит особняком благодаря уменьшительному суффиксу -ик, который придаёт прозвищу скорее ласкательный или ироничный оттенок, чем грубый.

В дореволюционных справочниках и архивных записях фамилия Пупиков встречается, но не относится к числу распространённых дворянских. Скорее всего, предки носительницы фамилии были крестьянами, ремесленниками или однодворцами. Точных данных о знаменитых носителях нет, что делает фамилию «тихой» — без громкой истории, но с живым народным корнем.