Фамилия Пуписева — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а прибалтийско-финская. Если отбросить типичный русский суффикс -ев (указывающий на принадлежность: «чей?» — Пуписев), остаётся корень Пупис-. В нём угадывается эстонское или финское слово «pupis» — так в просторечии называли картошку (от «pupul» — клубень). В северо-западных губерниях, особенно в бывшей Петербургской и Псковской, где веками жили ингерманландцы и сету, прозвище Пупис могли дать крестьянину, торговавшему картофелем или имевшему характерную «круглую» внешность.

Другая версия, менее вероятная, но фиксируемая в диалектах, — от глагола «пупить» (набухать, пузыриться). Тогда Пупис — человек с выпуклыми глазами или обидчивый, «надутый». Однако в русской ономастике фамилии с таким корнем единичны, что указывает на иноязычный источник, а не на местное прозвище.

Суффикс -ев, а не -ов, подсказывает, что основа оканчивалась на мягкий согласный или шипящий: Пупис — Пуписев. Это характерно для фамилий, оформившихся в XVI–XVII веках на русском Северо-Западе, где прибалтийские заимствования смешивались с местными говорами. Сословно носители фамилии, скорее всего, были государственными крестьянами или однодворцами, а не дворянами — в родословных книгах Пуписевы не встречаются.

Географически фамилия почти не покидает Ленинградскую и Псковскую области, изредка встречается в Эстонии среди русскоязычных. В современной России она остаётся штучной, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска: если вы Пуписева, ваши предки с большой вероятностью жили на границе с Эстонией и имели вепсские или ижорские корни.