Фамилия Пуписов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка имело не тот смысл, который первым приходит в голову современному человеку. Корень здесь — «пупис», искать его напрямую в литературном русском языке бесполезно. Скорее всего, это диалектное или профессиональное слово, которое со временем исчезло из обихода.

Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с ремеслом. В южнорусских и украинских говорах словом «пуп» или производными от него называли не только часть тела, но и сердцевину, стержень, центральную ось чего-либо. Отсюда могло возникнуть прозвище Пупис — для человека, который работал с «пупом»: например, мастера, делавшего ступицы колёс (центральную часть, куда вставляется ось), или бондаря, вырезавшего пробки для бочек. Суффикс -ис в основе встречается в прозвищах, образованных от глаголов или названий профессий с уменьшительным или уничижительным оттенком (сравните: «хлопис» — мальчишка, «дружис» — приятель). Таким образом, Пуписов — потомок человека, которого в округе звали Пуписом за его занятие или внешнюю особенность, связанную с понятием «пуп» (центра, оси).

Версия о происхождении от анатомического «пуп» маловероятна для фамилии. Прозвища по частям тела обычно образовывались от более заметных черт (Нос, Губа, Ухо), а пуп — скрытая часть. Если же отталкиваться от него, то речь шла бы о человеке с заметной грыжей или каком-то ином дефекте, но тогда фамилия скорее приняла бы форму Пупов или Пупин. Суффикс -ис здесь указывает на иную, более конкретную, «вещественную» основу.

Фамилия Пуписов — яркий пример того, как внешне неблагозвучное слово может скрывать за собой точное ремесленное прозвище. Носители этой фамилии, вероятно, происходят из среды мастеровых людей юга России или Украины, где и сохранился тот самый «пупис» — стержень, ось или затычка. Других версий, подкреплённых данными ономастики, у этой фамилии нет, что делает её разбор коротким, но показательным: не всё то, чем кажется.