Прозвище Пупыш восходит к аналогичному диалектному нарицательному, которое имеет несколько значений: «волдырь, прыщ, шишка», «малыш, карапуз», «зазнайка», «гордец, воображающий себя превосходящим всех», «выскочка» или «угрюмый, неразговорчивый человек». Таким образом, прозвище Пупыш могло указывать на особенности поведения, характера человека или на особенности внешности предка. Фамилия Пупышева часто встречается на Северной Двине. Так, из документов известно несколько лиц, именуемых Пупышами (Новгород, XVI век), а также крестьянин Пятый Пупышева ( Соль Вычегодская, 1624 год). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пупыш, со временем получил фамилию Пупышева.