Фамилия Папышева происходит от старинного мирского имени Папыш, которое давали ребенку до крещения. В основе этого имени лежит слово «папа», но не в современном, а в древнем значении — «хлеб, хлебец, хлебушек». Называя сына Папышем, родители вкладывали в это имя сразу два смысла. Во-первых, они видели в ребенке «кусочек» себя, продолжение рода, подобно тому, как от мирских имен Ломоть, Кус и Кусок образовались фамилии Ломтев, Кусов и Кусков. Во-вторых, имя было связано с символическим значением хлеба: в старину верили, что хлебом человека наделяет Бог, а вместе с куском хлеба он получает и свою «долю», то есть счастье и удачу. Поэтому, давая сыну имя Папыш, родители желали ему богатой и счастливой жизни.

Исторические документы подтверждают древность фамилии. В труде С. Б. Веселовского упоминаются новгородский крестьянин Папыш Кривая Щека (1495 год) и устюжский таможенный голова Аким Папышев (1623 год). Эти записи показывают, что именование бытовало в разных социальных слоях — от крестьян до служилых людей, а сама фамилия складывалась уже в конце XV века. Суффикс -ев в фамилии Папышева указывает на принадлежность потомку человека по имени Папыш, то есть буквально «сын Папыша». Форма Папышева — это женский вариант фамилии, который закрепился за женщинами как наследницами или женами носителей мужской формы Папышев.