Фамилия Пупышко — яркий пример того, как прозвище, данное за внешность или характер, закрепилось в родовом имени. В её основе лежит слово «пупыш» или «пупырь», которое в русских говорах имело несколько значений. Самое распространённое — небольшая шишка, волдырь, прыщ или выпуклость на коже. Человек с таким прозвищем мог иметь заметную родинку, шрам или просто быть невысоким, коренастым, «пухлым» — отсюда и пошло название. В некоторых диалектах «пупышом» называли также бутон цветка или почку на дереве, что могло придать прозвищу более мягкий, даже ласкательный оттенок.

Ключевая особенность фамилии — суффикс «-ко». В украинской и белорусской ономастике этот суффикс очень распространён: он образует фамилии от прозвищ и имён (например, Шевченко, Коваленко, Головко). Пупышко — типичная фамилия юго-западного происхождения. Если бы её образовали в центральной России, она, скорее всего, звучала бы как Пупышев. Суффикс «-ко» указывает на то, что предок носителя фамилии жил на территории современной Украины, Беларуси или в южных областях России, где такие окончания исторически преобладали.

Словообразовательная модель проста: корень «пупыш-» + уменьшительно-идентифицирующий суффикс «-к-» + окончание «-о». Фактически, фамилия Пупышко — это застывшая форма прозвища, которое первоначально звучало как «Пупышко» (то есть «маленький пупыш») и относилось к конкретному человеку. Со временем оно перестало быть описательным и превратилось в наследственное родовое имя.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные образования с суффиксом «-ко» рассматриваются как характерные для украинской модели фамилий, которые в XVII–XVIII веках активно проникали в общерусский обиход. Географически фамилия Пупышко встречается в основном на западе и юге России, а также в Беларуси, что подтверждает её региональную привязку. Сословная принадлежность носителей, скорее всего, была крестьянской или казачьей — прозвища, данные по внешним признакам, в дворянской среде встречались реже.

Таким образом, фамилия Пупышко — не про «еду» или «растение», а про живую народную наблюдательность: предок выделялся какой-то заметной чертой, и это слово приклеилось к нему навсегда, перейдя к потомкам.