Фамилия Пупшева — женская форма фамилии Пупшев, и её происхождение стоит искать в прозвище или мирском имени, которое носил предок-мужчина. Основа фамилии — «Пупш», что звучит необычно для русского уха. Скорее всего, это не прямое указание на часть тела («пуп»), а переосмысленная форма более древнего имени или прозвища.

Наиболее вероятная версия — связь с диалектным словом «пупш» или «пупша». В некоторых говорах так называли человека невысокого роста, коренастого, с округлой фигурой — то есть «пузатого» или «пупырчатого». Но есть и другая линия: в южнорусских и украинских говорах «пупш» могло быть ироничным прозвищем того, кто постоянно суетится, «пупится» (от глагола «пупиться» — надуваться, важничать). Таким образом, прозвище могло характеризовать либо внешность, либо поведение.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ев (после шипящего «ш» пишется «ев», а не «ов») указывает на принадлежность — «сын Пупша» или «из рода Пупша». Фамилия Пупшев (и Пупшева) — редкая, типичная для крестьянской среды центральных и южных губерний России, где были распространены прозвищные фамилии без книжной огласки. В дворянских списках она не встречается.

Встречается также вариант с ударением на первый слог — Пупшев (от «пупш»), но в некоторых семьях могли ставить ударение на второй слог — Пупшев (от «пупша»). Разница несущественна, но показывает, что в основе могло быть и женское прозвище Пупша, от которого образовалась фамилия уже через суффикс -ин (Пупшин), но вариант с -ев закрепился.

Однокоренных фамилий немного: Пупков, Пупышев, Пупин — все они образованы от тех же корней, но с разными суффиксами. Пупшева стоит особняком из-за редкого сочетания «пш», которое делает её легко узнаваемой. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они были крестьянами или мещанами, а само прозвище закрепилось за родоначальником в XVII–XVIII веках.