Фамилия Пупцева — женская форма фамилии Пупцев, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ев/-ов указывает на происхождение от имени или прозвища отца, то есть Пупцев — это «сын Пупца» или «человек из рода Пупца». В отличие от типичных русских фамилий на -ов, здесь основа оканчивается на шипящий «ц», поэтому суффикс не -ов, а -ев.

Основа фамилии — слово «пупец» (или «пупок»). В древнерусском языке «пуп» означал не только часть тела, но и центр, середину, а также возвышенность, холм. Соответственно, прозвище Пупец могло быть дано человеку с заметным животиком, либо тому, кто жил на возвышенности или в центре поселения. В северных и центральных говорах «пупец» также называли небольшой бугорок, что подтверждает географическую привязку: фамилия чаще встречается в регионах с овражным или холмистым рельефом — например, в Вологодской и Костромской областях.

Менее вероятная, но возможная версия связывает «пупец» с диалектным словом «пуп» — «завязь», «бутон». В этом случае прозвище могло относиться к садовнику или огороднику, но такая гипотеза слаба: нет устойчивой традиции называть людей по растениям через суффикс -ец.

С точки зрения социального контекста, фамилия Пупцев не относилась к знати. Она образована от прозвища, а не от крестильного имени, что характерно для крестьянской и посадской среды. В документах XVI–XVII веков встречаются однокоренные фамилии (Пупков, Пупов), но конкретно Пупцев фиксируется позже, в основном в переписях XIX века.

Интересная деталь: фамилия Пупцева часто путается с Пупковой из-за схожести звучания, но это разные словообразовательные модели. Пупцев — от прозвища на -ец, Пупков — от более короткой формы «пупок». Если ваши предки носили Пупцеву, скорее всего, они жили в средней полосе России и имели прозвище, связанное с местностью или внешностью, а не с ремеслом.