Фамилия Пупцев звучит необычно и даже рискованно для шуток, но её происхождение куда прозаичнее, чем кажется. Вопреки догадкам, она не связана с «пупом» как частью тела. Основа здесь — древнерусское нецерковное имя или прозвище Пупец. В старину так могли назвать младенца с заметным, выпирающим пупком — это была бытовая, ласкательная характеристика, а не оскорбление. Имена по внешним признакам в крестьянской среде были обычным делом: Кривой, Шепель, Рыжий, Пупец.

Морфология фамилии проста: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть Пупцев буквально значит «сын Пупца» или «потомок Пупца». Это типичная модель русских фамилий-притяжательных прилагательных, образованных от прозвищ на -ец. Аналогично возникли, например, Бубенцов (от бубенец) или Копейцев (от копейка). В данном случае Пупец — не уменьшительное от «пуп», а самостоятельное прозвище, которое могло закрепиться за человеком ещё в XV–XVI веках.

Географически фамилия редкая и, по косвенным данным, тяготеет к южнорусским и западнорусским областям. Встречается в старых переписях Воронежской, Курской и Смоленской губерний. В центральных и северных регионах она почти не фиксируется — там предпочитали форму Пупов или Пупышев. Это даёт основание считать Пупцевых выходцами из чернозёмной полосы, где сохранялись архаичные прозвища с суффиксом -ец.

Интересно, что в некоторых говорах слово «пупец» имело и другое значение — так называли невысокий холмик, бугорок на ровной местности. В этом случае прозвище могло получить человек, живший на возвышенности или владевший таким участком. Впрочем, версия с личным прозвищем-именем выглядит убедительнее: она проще и соответствует общей логике русской антропонимии, где телесные особенности становились основой фамилий чаще, чем географические приметы.

Сегодня фамилия Пупцев остаётся малочисленной. Её носители, скорее всего, потомки однодворцев или государственных крестьян южной России, не имевших дворянских привилегий. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не известно — она из тех, что хранят память не о знатности, а о бытовой жизни предков, где прозвище Пупец было таким же обычным, как сейчас имя Иван.