Фамилия Пупцова — женская форма фамилии Пупцов, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Окончание -ов указывает на типичную русскую модель образования от отчества или прозвища отца. То есть Пупцов — это буквально «сын Пупца», а Пупцовы — потомки человека, носившего прозвище Пупец.

Корень здесь — «пуп», но не в современном анатомическом смысле, а в древнерусском. В говорах «пупец» могло означать не только маленький пупок, но и бугорок, холмик, выпуклость. Прозвище Пупец давали либо человеку с заметной пуповиной грыжей (что в крестьянском быту было не редкостью), либо, по другой версии, низкорослому, кругленькому мужчине — как бы «пупырышку». В словаре Даля «пупец» фиксируется и как «срединная выпуклость», и как «пуповина», и как часть сохи.

Менее вероятна, но всё же возможна связь с диалектным глаголом «пупиться» — дуться, важничать. Тогда Пупец — прозвище обидчивого или гордого человека. Однако первая версия (по внешнему признаку) встречается в ономастике чаще: фамилии от прозвищ по телесным особенностям — один из древнейших пластов.

Географически фамилия Пупцовых не привязана к одной области, но чаще встречается в центральных русских регионах и на севере, где были сильны традиции прозвищного именования. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян Пупцовых в Вологодской и Костромской губерниях — там «пупцом» называли и небольшой курган, что могло стать основой для прозвища по месту жительства.

Интересно, что при всей кажущейся простоте фамилия избежала переосмысления в «неблагозвучную» — в отличие от, скажем, Задницына или Голяшкина. Она осталась в ряду нейтральных, хотя её корень вызывает улыбку. Но для этимолога это не курьёз, а образец того, как прозвище по самой обыденной детали тела или ландшафта превратилось в фамилию, пережившую века.