Фамилия Пупова происходит от прозвища Пуп, и это тот случай, когда за простым, даже сниженным словом стоит целый пласт народных представлений. Прозвища по частям тела на Руси не были редкостью — вспомним хотя бы Носа или Уха, — но Пуп выделяется даже на их фоне многозначностью.

Прямое значение основы — «пупок» — было лишь отправной точкой. В народных говорах пупом называли всякую выпуклость, а также середину чего-либо. Отсюда пошли родственные прозвища Пупырь и Пупыш. При этом в петербургских и смоленских говорах словом «пупа» ласково называли маленьких детей, а в тех же смоленских краях «пупел» означало «небольшой, коротенький, малорослый». Так что обладатель прозвища Пуп вполне мог быть человеком невысоким и полным — внешность предка закреплялась за родом на века.

Но не только комплекцией определялся характер. Нарицательное «пупырь» в некоторых местностях значило «гордец, воображающий себя выше всех», а кое-где — «угрюмый, неразговорчивый человек». Получается, что прозвище Пуп могло указывать и на манеру поведения, и на внутренний склад человека, а не только на его портрет.

Фамилии с основой «пуп» — древние. С. Веселовский в своих трудах упоминает крестьянина Пупка из Новгорода XVI века, Ивана Семеновича Пупка Колычева (первая половина XVI века) и нескольких Пупышей там же, в Новгороде. Это говорит о том, что прозвище было распространено и у простых людей, и у знати — вспомним хотя бы боярский род Колычевых.

Суффикс -ов в фамилии Пупова указывает на притяжательную модель: потомок человека, которого звали Пуп, становился Пуповым, то есть «сыном Пупа», а женщина в роду — Пуповой. По этой же схеме строились тысячи русских фамилий от прозвищ и мирских имен, и Пупова здесь стоит в одном ряду с Носовым, Уховым или Лбовым.