Фамилия Пупова ведет свое начало от прозвища Пуп, образованного от названия части тела, что не было редкостью на Руси (например, Нос, Ухо и т.п.) Но прозвище Пуп означало не только часть тела «пупок». Так могли назвать всякую выпуклость, а также середину чего-либо. Отсюда такие варианты этого прозвища, как Пупырь, Пупыш,- в некоторых говорах так называют упитанного ребенка, карапуза (в петербургских и смоленских говорах Пупа - ласковое обращение к маленьким детям). Кроме того, вполне вероятно, что такие прозвища могли получить люди невысокие, полные, так как, в смоленских говорах родственные слово «пупел» имеет значение «небольшой, коротенький, малорослый». Также нарицательное Пупырь означает «гордец, воображающий себя выше всех», а кое-где – «угрюмый, неразговорчивый человек». Таким образом, прозвище Пуп указывает как на особенности внешности предка, так и на черты его характера, манеру поведения. Фамилии с основой «пуп» довольно древние. Веселовского упоминаются: Пупок, крестьянин, XVI в., Новгород; Иван Семенович Пупок Колычев, первая половина XVI в.; Пупыш, несколько лиц в Новгороде, XVI в. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пуп, со временем получил фамилию Пупов.