Фамилия Пупин, вероятно, образована от прозвища Пупа, которое является родственным корню «пуп». В старину это слово не только имело значение «пупок», но и обозначало всякую выпуклость. Таким образом, прозвище Пупа мог получить невысокий полный человек с выпуклым животом. Также не исключено, что фамилия Пупин ведет начало не от прозвища, а от дохристианского личного имени Пупа: в некоторых северо-западных диалектах слово «пупа» служило ласковым обращением к детям. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пупа, со временем получил фамилию Пупин. Так, в Книге памяти Республики Татарстан записан Пупин Василий Макарович, который родился в 1865 году (Бавлинский р-н, с. Ивановка). А в Книге памяти Магаданской области отмечен белорус Пупин Викентий Фабионович, рожденный в 1891 году в Волжской губернии. Среди известных обладателей этой фамилии – сербский физик Михаил Пупин (1858 г —1935).