Фамилия Пупукин — редкий пример русской фамилии, где за кажущейся простотой скрывается сразу несколько неочевидных значений. Вопреки ожиданиям, её основа не связана с анатомией в грубом смысле, а уходит в народную терминологию ремёсел и быта. Образована она по типовой модели: от личного прозвища Пупука через притяжательный суффикс -ин, который указывает на принадлежность потомку человека с таким прозвищем.

Разбираем корень. В старину слово «пуп» имело куда более широкий круг значений, чем сейчас. Пупышами называли не только выпуклости на теле, но и декоративные рельефные украшения, например, чеканные выпуклости на серебряных кубках и братинах. Мастера-серебряники, делавшие такую посуду, могли получить прозвище Пупука за характерный почерк работы. Вторая ветвь значений связана с родильной обрядностью: «пупком» в диалектах именовали не только сам орган, но и послед, а также место перерезания пуповины. Отсюда прямой шаг к прозвищу повивальной бабки или знахарки, принимавшей роды — её могли звать Пупукой. Третья, самая простая версия — прозвище человека с заметным, крупным пупом, которое закреплялось за ним в деревне как отличительная черта.

Какая версия правдоподобнее? Для фамилии Пупукин, скорее всего, работала вторая: прозвище Пупука чаще давали не мужчине, а женщине-повитухе. В таком случае фамилия указывает не на самого носителя, а на его мать или бабку по женской линии, что для русских фамилий на -ин встречается реже, чем отчества от мужских имён, но вполне закономерно. Впрочем, исключать ремесленную версию с мастером-чеканщиком нельзя: в писцовых книгах XVI–XVII веков нередки прозвища по профессии, и Пупука могло закрепиться за умельцем, делавшим те самые «пупыши» на посуде.

О точном месте возникновения фамилии говорить сложно: процесс закрепления прозвищ в фамилии растянулся на столетия, а носители могли разойтись по разным губерниям. Встречаемость фамилии низкая, что типично для прозвищ, не связанных с церковным календарём. Сама фамилия — живой памятник народной речи, сохранивший слово, которое в современном языке почти исчезло из активного употребления.