Фамилия Пупко — это типичный пример того, как личное прозвище, данное человеку несколько веков назад, закрепилось за его потомками. В основе лежит прозвище Пуп, а сама фамилия образована по распространенной модели с уменьшительным суффиксом -ко, характерным для украинских, белорусских и южнорусских земель. Если кратко: Пупко — это «сын Пупа» или «потомок человека по прозвищу Пуп».

Что же означало само прозвище? В старину словом «пуп» называли не только анатомическую деталь, но и любую выпуклость, возвышение, а также середину чего-либо. Отсюда и несколько версий происхождения. Первая — географическая: прозвище могло указывать на место жительства. Пупом могли назвать человека, жившего на холме, или того, чья деревня со всех сторон была окружена лесом, то есть находилась в «пупе» — в центре, в глубине. Вторая версия — внешняя: пупом в переносном смысле дразнили полного, упитанного человека с заметным животом. Третья, более узкая, связана с псковскими говорами, где пупом называют один из видов грибов. В этом случае прозвище мог получить грибник, промышлявший сбором и продажей лесных даров.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ко в фамилии Пупко выполняет ту же функцию, что и русские -ов/-ев или -ин, — он указывает на принадлежность роду. Такая форма особенно часто встречается на территории современной Украины, в Беларуси и в южных областях России, что позволяет предположить западно- или южнорусские корни рода.

Само прозвище Пуп отнюдь не было редкостью в допетровскую эпоху. Однокоренные фамилии документированы уже в XVI—XVII веках. Так, в 1600 году упоминается подьячий Шелонской пятины Жданко Иванов Пупынин, а в 1676 году — ростовский дворянин Лука Григорьев сын Пупков. Эти записи показывают, что прозвище бытовало в разных слоях общества — и среди приказных людей, и среди дворянства, — а значит, не несло уничижительного оттенка, а скорее было обычным бытовым именованием.

Со временем прозвище Пуп, передаваясь от отца к сыну, превратилось в наследственную фамилию. Форма Пупко, с характерным суффиксом, закрепилась за потомками человека, которого когда-то так прозвали за особенности внешности, место жительства или род занятий. Какую именно из версий выбрать для своего предка — зависит от того, где жила семья и чем занималась, но все три варианта имеют под собой реальную историческую основу.