Фамилия Пуповы — это наследное имя, которое ведет начало от личного прозвища Пуп, что относится к распространенному типу русских фамилий, образованных от прозвищ. Основа здесь — нарицательное слово «пуп», которое в древнерусском языке означало не только часть тела, но и всякую выпуклость, а также середину чего-либо. Такие прозвища, как Нос или Ухо, на Руси не были редкостью, и Пуп стоит в этом же ряду. Прозвище Пуп могло указывать на особенности внешности предка: так называли невысоких и полных людей, ведь в смоленских говорах родственное слово «пупел» имело значение «небольшой, коротенький, малорослый». В петербургских и смоленских говорах словом «пупа» ласково обращались к маленьким детям, а в некоторых местах «пупырь» означал упитанного ребенка, карапуза. Однако прозвище могло отражать и черты характера: нарицательное «пупырь» в ряде говоров значило «гордец, воображающий себя выше всех», а кое-где — «угрюмый, неразговорчивый человек». Таким образом, прозвище Пуп указывало как на внешность, так и на манеру поведения предка.

Фамилии с основой «пуп» довольно древние. В труде С. Б. Веселовского упоминаются Пупок, крестьянин XVI века из Новгорода, Иван Семенович Пупок Колычев, живший в первой половине XVI века, а также Пупыш — несколько лиц в Новгороде того же столетия. Эти записи показывают, что прозвища с этой основой бытовали в северных русских землях, что делает новгородское происхождение фамилии Пуповы вполне вероятным. Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность потомку человека по прозвищу Пуп, то есть буквально «сын Пупа» или «из рода Пупа». Такая модель образования была типична для русских фамилий, окончательно закрепившихся в XVI–XVII веках.

О точном месте и времени возникновения фамилии Пуповы сейчас говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был длительным и растянулся на несколько столетий. Тем не менее, фамилия Пуповы представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры, сохранивший в себе память о прозвище, которое могло многое рассказать о человеке, жившем несколько веков назад.