Фамилия Пуповский напрямую связана с географическим названием, а не с анатомией, как можно было бы поспешно решить. Её основа — прозвище Пуповский, которое давали выходцу из деревни или села с названием Пупово. Таких топонимов в России немало: они встречаются в Псковской, Калужской и Новгородской областях, так что родственные фамилии могли возникнуть в разных регионах независимо друг от друга.

Название Пупово, в свою очередь, скорее всего, происходит от нарицательного «пуп» в старом значении «всякая выпуклость, возвышенность». Так могли назвать деревню, стоящую на холме, бугре или заметном пригорке. Логика простая: поселение на возвышении — «пуп» земли. Поэтому фамилия Пуповский — это типичный «географический» маркер: она указывала не на род занятий или внешность, а на малую родину предка. В эпоху, когда фамилии только закреплялись, такой способ идентификации был самым естественным: человек из Пупово становился Пуповским.

Суффикс -ский в этой фамилии — дворянский или шляхетский по происхождению, но на практике он часто встречался и у крестьян, и у духовенства. В отличие от более простых -ов и -ин, которые крепились к отчествам и прозвищам напрямую, -ский образовывал фамилии именно от названий мест, подчёркивая территориальную принадлежность. Так что Пуповский звучит солиднее, чем, скажем, Пупов, хотя корень у них общий.

В написании фамилии нет вариативности: она всегда фиксируется как Пуповский, с ударением на втором слоге. Редкость фамилии объясняется не уникальностью корня, а тем, что далеко не каждый выходец из Пупово получал именно такую форму — многие становились просто Пуповыми. Так что носитель фамилии Пуповский может с высокой долей уверенности предположить, что его предки происходили из одного из этих сёл, а не носили прозвище, связанное с чем-то выпуклым.