Фамилия Пуповский образована от прозвища аналогичного прозвища, восходящего к топониму Пупово. Так называется ряд населенных пунктов, расположенных в России, например, в Псковской, Калужской и Новгородской областях. Название Пупово, скорее всего, берет начало от нарицательного «пуп» в значении «всякая выпуклость». Так могли назвать выходца из Пупово.