Фамилия Пупов образована по простой и древней модели: от личного прозвища Пуп с патронимическим суффиксом -ов, то есть буквально «сын Пупа». Само прозвище восходит к нарицательному «пуп», но круг его значений в народных говорах был куда шире анатомического. На Руси прозвища по частям тела не были редкостью — вспомним хотя бы Носа или Уха, — так что Пуп вполне вписывается в эту традицию. Однако за основой могли стоять разные смыслы: «пупом» называли не только пупок, но и любую выпуклость, а также середину, сердцевину чего-либо.

Отсюда пошли и родственные прозвища — Пупырь, Пупыш. В некоторых говорах так ласково называли упитанного ребенка, карапуза: в петербургских и смоленских говорах слово «пупа» использовали как обращение к маленьким детям. В смоленских же говорах встречается родственное слово «пупел» — «небольшой, коротенький, малорослый». Значит, прозвище Пуп часто указывало на внешность: невысокий, полный человек. Но были и другие оттенки: в ряде мест «пупырь» означало гордеца, который воображает себя выше других, а кое-где — угрюмого, неразговорчивого человека. Так что фамилия могла закрепиться и за тем, кто выделялся характером, а не только статью.

Фамилии с основой «пуп» фиксируются довольно рано. В труде С. Б. Веселовского «Ономастикон» упоминаются: Пупок, крестьянин, XVI век, Новгород; Иван Семенович Пупок Колычев, первая половина XVI века; Пупыш — несколько лиц в Новгороде, тоже XVI век. Эти записи показывают, что прозвище бытовало в северных русских землях и не было случайным или единичным. Потомок человека по прозвищу Пуп со временем получал фамилию Пупов, и она закреплялась за его семьей уже как наследственная.

Интересно, что фамилия Пупов — не единственная в этом гнезде. Рядом стоят Пупырев, Пупышев, Пупин, и все они образованы от тех же прозвищных основ. Это говорит о том, что слово было живым и продуктивным в народной речи. Сегодня фамилия Пупов встречается нечасто, но она сохранила память о прозвище, которому несколько веков, и о тех людях, что получили его за внешность, поведение или просто в шутку.