Фамилия Пупынин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Пупынин образована от прозвища Пупыня, которое восходит к нарицательному «пуп». В старину пупышами называли толстые украшения и выпуклости на серебряных кубках, пупками - родины. Скорее всего, Пупыней называли повивальную бабку, знахарку, либо человека с большим пупом, т.е. Веселовского упоминается Пупынин Ждан, подьячий, 1600 г., Новгород. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пупыня, со временем получил фамилию Пупынин. О точном месте и времени возникновения фамилии Пупынин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Пупынин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.