Фамилия Пупынин — один из тех случаев, когда прозвище, данное человеку несколько веков назад, закрепляется за его потомками навсегда. В основе фамилии лежит личное прозвище Пупыня, а оно, в свою очередь, восходит к нарицательному «пуп». Но не спешите думать, что всё так просто: за этим корнем скрывается не один, а целых три смысловых пласта, и каждый из них мог стать источником прозвища.

Самое прямое значение — анатомическое. Пупыней в старину могли назвать человека с большим, заметным пупом. Однако народная этимология и бытовая речь наделяли это слово и другими смыслами. Пупышами называли толстые украшения и выпуклости на серебряных кубках — этакая «пупырчатая» поверхность. А вот пупками в некоторых говорах именовали родины. Отсюда и версия, что Пупыней могли прозвать повивальную бабку или знахарку, принимавшую роды. Согласитесь, прозвище по профессии встречается в фамилиях не реже, чем прозвище по внешности.

Какая из версий правдоподобнее? Если опираться на логику словообразования, то прозвище по внешнему признаку (большой пуп) или по ремеслу (повитуха) выглядят одинаково вероятными. Но есть и третья, менее очевидная трактовка. В некоторых диалектах «пупыня» могло быть ласкательным именованием чего-то круглого и небольшого — например, ребёнка. В этом случае прозвище могло закрепиться за младшим в семье или просто за человеком невысокого роста, коренастым.

Историческая память сохранила для нас конкретного носителя этого прозвища. В труде С. Б. Веселовского упоминается Пупынин Ждан, подьячий, живший в 1600 году в Новгороде. Это ценнейшее свидетельство: оно доказывает, что уже на рубеже XVI–XVII веков фамилия (или ещё прозвище, ставшее фамилией) бытовала в среде служилых людей и приказной администрации. Подьячий — человек грамотный, писец, что говорит о том, что носитель был не крестьянином, а принадлежал к формирующемуся слою бюрократии. Потомок человека по прозвищу Пупыня, скорее всего, уже в следующем поколении получил фамилию Пупынин по отцу.

Фамилия образована по самой распространённой на Руси модели — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: Пупынин значит «сын Пупыни». Это же правило работает и с фамилиями Пушкин, Бородин, Ильин. О точном времени возникновения фамилии говорить сложно, поскольку процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, но новгородская запись 1600 года даёт нам нижнюю границу — как минимум четыре века назад фамилия уже существовала.