Фамилия Пупкова произошла от прозвища Пуп, образованного от названия части тела, что не было редкостью на Руси (например, Нос, Ухо и т.п.) Но прозвище Пуп означало не только «пупок»; так могли назвать всякую выпуклость, а также середину чего-либо. Отсюда такие варианты этого прозвища, как Пупырь, Пупыш,- в некоторых говорах так называют упитанного ребенка, карапуза (в петербургских и смоленских говорах Пупа - ласковое обращение к маленьким детям). Вероятно, такие прозвища могли получить люди невысокие, полные - так, в смоленских говорах родственные слово «пупел» имеет значение «небольшой, коротенький, малорослый». Кроме того, Пупырь – «гордец, воображающий себя выше всех», а кое-где – «угрюмый, неразговорчивый человек». Веселовского упоминаются: Пупок, крестьянин, XVI в., Новгород; Иван Семенович Пупок Колычев, первая половина XVI в.; Пупыш, несколько лиц в Новгороде, XVI в. В результате, потомки человека, обладающего прозвищем Пуп, со временем получили фамилию Пупкова.