Фамилия Пупков — это классический пример того, как прозвище превратилось в наследственное родовое имя. Исходным словом послужило нарицательное «пупок», но не в прямом анатомическом смысле, а в переносном. В старину пупком называли любую выпуклость, середину чего-либо, а иногда и холм. Поэтому прозвище Пупок могло указывать на место жительства — например, на деревню на пригорке или окружённую лесами, — либо на внешность человека, если речь шла о заметных прыщах или полноте.

В петербургских и смоленских говорах словом «пупка» ласково называли маленьких детей. Отсюда версия, что Пупком могли прозвать упитанного карапуза или просто полноватого невысокого человека. Такая трактовка выглядит правдоподобнее остальных: прозвища чаще отражали характерную черту облика, а не топографию местности.

Словообразовательная модель проста: к основе Пупок добавили суффикс -ов, который в XV–XVII веках закрепился как главный способ оформления русских фамилий. Эта модель указывала на принадлежность роду человека по имени Пупок — сын, внук или потомок Пупа. Однокоренные фамилии встречаются в документах уже в XVI–XVII веках: в 1600 году упомянут подьячий Жданко Иванов Пупынин в Шелонской пятине, а в 1676-м — ростовский дворянин Лука Григорьев сын Пупков. Эти записи показывают, что прозвище бытовало в разных слоях общества — и среди приказных людей, и среди дворянства.

Точное место и время возникновения фамилии Пупков установить сложно: фамилии складывались постепенно, на протяжении нескольких поколений. Но сам факт, что она сохранилась и дошла до наших дней, делает её любопытным памятником живой народной речи, где бытовое слово обрело статус родового имени.