Фамилия Пупков образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Пупков образована от прозвища Пупок, которое восходит к аналогичному нарицательному, имеющему значение «отверстие среди живота, через которое, посредством пуповины, не рожденный младенец или детеныш связан с последом и получает питание». Однако, вероятнее всего, в основу прозвища легло переносное значение этого слова. Пупком раньше называли любую выпуклость, а также середину чего — либо. Поэтому прозвище Пупок могло указывать как на место проживания человека (он жил, например, на холмистой местности, либо в деревне, окруженной лесами), так и на его внешние данные (у человека с таким прозвищем могли быть прыщи). В некоторых говорах Пупком называют упитанного ребенка, карапуза. Например, в петербургских и смоленских говорах «пупка» - ласковое обращение к маленьким детям. В таком случае Пупком могли прозвать полноватого человека невысокого роста. Однокоренные фамилии документированы в ХVI-ХVII веках: Жданко Иванов Пупынин, подьячий в Шелонской пятине, 1600; Лука Григорьев сын Пупков, ростовский дворянин; 1676. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пупок, со временем получил фамилию Пупков. О точном месте и времени возникновения фамилии Пупков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Пупков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.