Фамилия Пупков образована от прозвища Пупок, и это тот редкий случай, когда прозвище, казалось бы, говорящее об анатомии, на деле почти наверняка указывало на характер или внешность, а не на физиологию. Прямое значение слова — «отверстие среди живота, через которое, посредством пуповины, не рожденный младенец или детеныш связан с последом и получает питание» — вряд ли служило основой для прозвания человека. Куда вероятнее, что в ход пошло переносное значение: пупком в народной речи называли любую выпуклость, а также середину чего-либо.

Отсюда и веер возможных смыслов. Человек мог получить прозвище Пупок по месту жительства — например, если его дом стоял на холме или в деревне, окруженной лесами, то есть в «пупе» местности. Либо прозвище цеплялось к внешним данным: в некоторых говорах так поддразнивали человека с прыщами. Но самая живая версия связана с диалектным значением: в петербургских и смоленских говорах «пупка» — ласковое обращение к маленьким детям, а в ряде местностей пупком называют упитанного карапуза. Согласитесь, прозвать полноватого невысокого человека Пупком — это и метко, и беззлобно.

Сама фамилия построена по простой и распространенной модели: прозвище Пупок плюс типичный русский суффикс -ов, дающий ответ на вопрос «чей ты будешь?». Так что Пупков — это буквально «сын Пупка», потомок человека с таким прозвищем.

Документальные следы фамилии уходят в XVI–XVII века, и они показывают, что носители ее не были людьми низкого сословия. В 1600 году в Шелонской пятине упоминается подьячий Жданко Иванов Пупынин — обратите внимание на родственную форму с суффиксом -ин. А в 1676 году в документах значится Лука Григорьев сын Пупков, ростовский дворянин. Это важная деталь: дворянство в ту пору не было титулом, а означало принадлежность к служилому сословию, то есть предки Пупковых могли быть военными или администраторами на государевой службе.

Интересно, что фамилия не единственная в своем семействе. Рядом с ней стоят Пупковы, Пупынины, Пупышевы — все они восходят к одному корню, но разошлись по разным суффиксальным моделям. Это говорит о том, что прозвище было широко распространено в народной среде, а не закрепилось за одним родом.