Фамилия Пупкин, вероятно, образовано от прозвища Пупка, которое является родственным корню «пуп». В старину это слово не только имело значение «пупок», но и обозначало всякую выпуклость. Таким образом, прозвище Пупка мог получить невысокий полный человек с выпуклым животом. Также не исключено, что фамилия Пупкин ведёт начало не от прозвища, а от дохристианского личного имени Пупка: в некоторых северо-западных диалектах слово «пупа» или «пупка» служило ласковым обращением к детям. Изначально это были притяжательные прилагательные с суффиксами –ов/-ев, -ин, указывающими на прозвище главы семейства. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Пупка, со временем получил фамилию Пупкин.