Фамилия Пупыня — один из тех случаев, когда прозвище было дано не по профессии или внешности, а по характеру или манере поведения. В её основе лежит древнерусское слово «пупыня», которое в разных говорах означало «брюзга», «ворчун», «недовольный человек». Так могли прозвать того, кто постоянно выражал неудовольствие, «надувал губы» или сердито пыхтел. В некоторых диалектах у слова было и более конкретное значение — «упрямец», «человек, который стоит на своём» (от глагола «пупиться» — сердиться, дуться). Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, получил её не за внешний вид, а за свой нрав.

С точки зрения словообразования, фамилия Пупыня — редкий для русского ономастикона тип. Обычно фамилии образуются с помощью суффиксов -ов, -ин, -ский, но здесь мы видим окончание -я, которое характерно для украинских и белорусских фамилий (сравните: Головня, Лободя, Верещака). Это указывает на западнорусское или малороссийское происхождение. Скорее всего, фамилия закрепилась на территории современной Украины, Беларуси или в южных областях России, где были сильны украинские говоры. Без суффикса она сохранила форму чистого прозвища — того, как человека называли в быту.

Интересно, что у фамилии есть «родственники» с тем же корнем: Пупышев, Пупынин, Пупырников. Но если Пупышев, скорее всего, восходит к прозвищу «пупыш» (маленький, круглый человек), то Пупыня — совсем про другое. Здесь корень не столько про форму, сколько про действие — «пупиться». Это редкий случай, когда фамилия сохранила глагольный оттенок в прозвищной основе. Встречается она нечасто, и в современных справочниках не фигурирует как массовая. Если вы носите фамилию Пупыня, ваши предки, вероятно, жили в западной части России или на Украине и были людьми с характером — прямыми, несговорчивыми, не скрывавшими недовольства.