Фамилия Пурунджан — одна из тех, что заставляют задуматься: настолько она не вписывается в привычный ряд русских фамилий на -ов, -ев или -ин. Её происхождение почти наверняка не русское, а восточное. Основа «Пурунджан» или «Пурунжан» с высокой вероятностью восходит к иранским или тюркским языкам, где «джан» (жан, джан) означает «душа» или «жизнь» — это распространённый компонент в персидских и армянских именах и прозвищах. Первая часть, «Пурун», может быть искажённым именем, топонимом или эпитетом, например, связанным со словом «пурун» (в некоторых тюркских языках — «нос», «мыс» или «прежний»). Таким образом, Пурунджан могло означать «чистая душа» или «прежняя душа», а могло быть составным личным именем, которое позже закрепилось как фамилия.

Словообразовательная модель фамилии — без суффикса, что характерно для фамилий, принесённых в русский язык из Закавказья, Средней Азии или Ирана. В русской среде такие фамилии не склоняются или склоняются с трудом, и часто их носители — потомки армян, азербайджанцев, персов или народов Северного Кавказа, переселившихся в Российскую империю в XIX — начале XX века. Согласно данным переписей и архивов, Пурунджан встречается в основном на юге России и в Закавказье, что подтверждает версию о миграции ремесленников, торговцев или ремесленников-ювелиров (среди армянских фамилий распространены названия профессий).

В ономастике часто спорят, считать ли Пурунджан армянской фамилией. Армянские фамилии обычно оканчиваются на -ян, -янц, -уни, но Пурунджан уже содержит «джан» — элемент, типичный для персидского и азербайджанского имясловия. Вероятнее всего, это фамилия персидского или азербайджанского происхождения, которая позже могла быть записана в русских документах без изменений. Встречаются варианты написания: Пурунджан, Пурунжан, Пурунджян (с армянским окончанием), но последний — результат адаптации, а не исходная форма.

О сословии носителей фамилии до революции сказать сложно: фамилия не входила в дворянские родословные книги и не упоминается в трудах Веселовского или Унбегауна, которые разбирали преимущественно славянский антропонимикон. Скорее всего, предки Пурунджанов были городскими жителями — купцами, ремесленниками или мелкими торговцами, так как фамилии такого типа редко встречаются среди крестьян и кочевников. В любом случае, это редкая фамилия с ярко выраженным восточным колоритом, и её носители, вероятно, хранят память о миграции из regions, где «джан» — не просто суффикс, а обращение к близкому человеку.