Фамилия Пустошкина образована от прозвища Пустошка. Скорее всего, в его основе лежит глагол «пустошить», который имеет значение «опустошать, разорять». Вероятно, прозвище носило иронический характер и давалось с целью указать на недостатки, дурные привычки или поступки человека. Это дает основание полагать, что основатель рода Пустошкиных мог быть нечестным на руку дельцом, мошенником. Менее вероятной представляется связь прозвища с нарицательным «пустошь» - «уединенная обитель, небольшой монастырь». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пустошка, со временем получил фамилию Пустошкина.