Фамилия Путайкина — женская форма, а её мужской вариант Путайкин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Путайка. Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын или дочь Путайки). Такая схема типична для русских фамилий, возникших в XV–XVII веках в среде крестьян, посадских людей и служилых.

Корень «пута-» отсылает к глаголу «путать» или существительному «путаник». Прозвищем Путайка могли наделить человека рассеянного, нерасторопного, того, кто постоянно всё путал, сбивался с пути или запутывал следы. Однако в говорах слово имело и конкретные значения: на Севере и Урале «путайкой» называли того, кто мешает, сбивает с толку, а в некоторых диалектах — даже вьюгу, метель (ср. «путаница» о снежной круговерти). Вряд ли прозвище дали за погоду, но переносный смысл — «сбивающий с толку человек» — вполне возможен.

Есть и более редкая версия: от уменьшительной формы имени Пута — варианта крестильного имени Путислав или Путимир (от «путь»). Но она менее убедительна, так как имя Путайка не зафиксировано в святцах и встречается исключительно как прозвищное.

Географически фамилия Путайкин (и её женская форма) редкая. Основные очаги — Вологодская область, северные районы Кировской и Костромской областей. Там же, в севернорусских говорах, слово «путайка» бытовало в значении «непоседа» или «путаный человек». Встречается и в Сибири, куда фамилию могли занести переселенцы с Русского Севера в XIX веке.

Однокоренные фамилии — Путанов, Путалов, Путаев — образованы от тех же основ, но с разными суффиксами. Путайкин стоит особняком именно благодаря суффиксу -к-, который придаёт прозвищу уменьшительно-пренебрежительный оттенок: Путайка — не просто путаник, а «мелкий, домашний путаник». Такая модель характерна для прозвищ, закреплявшихся за людьми невысокого социального статуса.

В сословном отношении Путайкины, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не числится. В дореволюционных метрических записях Путайкины встречаются в основном среди государственных крестьян и мещан.