Фамилия Путютин образована от древнерусского мирского имени или прозвища Путютя. Такие имена, не связанные с церковным календарём, на Руси давали до крещения или в быту, и они нередко становились основой для будущих фамилий. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Путютин значит «сын Путюти», как, например, Ильин — сын Ильи.

Есть несколько версий происхождения самого имени Путютя. Первая — самая прямолинейная: Путютя — это «тот, кто спутан». Имеется в виду младенец в пелёнках, которого накрепко пеленали, связывая руки и ноги. Такое имя-оберег могли дать ребёнку, чтобы отвести от него беды, или просто как ласковое домашнее прозвание.

Согласно второй, более распространённой гипотезе, в основе лежит существительное «путь». Тогда Путютя — это прозвище толкового, удачливого человека, который умел находить верную дорогу в делах. Не исключено, что так называли владельца земельных угодий или сборщика пошлин — человека, чья жизнь и достаток напрямую зависели от дорог и торговых путей. В этом случае фамилия несёт отпечаток социального статуса предка, хотя и не говорит о его сословии напрямую.

Интересно, что имя Путятя встречается в древнерусских летописях: например, Путята Вышатич, киевский воевода XI века. Это подтверждает, что основа не выдумана, а имеет глубокие исторические корни, хотя напрямую связывать конкретную фамилию Путютин с тем воеводой нельзя — слишком много веков разделяет эти события.

Написание фамилии с буквой «ю» — Путютин — закрепилось как вариант произношения имени Путятя в некоторых говорах. В северных и центральных русских диалектах звук «я» после мягкого согласного мог переходить в «ю», что и дало современную форму. Поэтому среди однокоренных фамилий встречаются и Путятин, и Путютин, и Путяев — все они восходят к одной основе, но разошлись по регионам.

Сведений о широкой известности носителей фамилии Путютин в истории немного, что типично для фамилий, образованных от мирских имён: такие семьи редко попадали на страницы документов, если не владели землями и не служили при дворе. Тем не менее, фамилия сохранилась и встречается в наши дни, что говорит о живучести древней традиции именования.