Фамилия Путятин происходит от древнерусского нецерковного имени Путятя. Такие имена были широко распространены на Руси до повсеместного внедрения христианских календарных имен, и звучали они привычно для слуха: Путята, Неждан, Ждан, Первуша. Имя Путятя имеет две версии происхождения. По одной, оно связано с глаголом «путать» и означало «тот, кто спутан» — так в шутку могли назвать младенца, туго запеленатого в свивальник. По другой, более правдоподобной, это имя стоит в одном ряду с такими, как Путило или Путимир, и восходит к основе «путь» — то есть человек, который находится в пути, странник, либо тот, кому предстоит проложить дорогу.

Фамилия образована по простой и распространенной модели: к основе Путят- добавили суффикс -ин, который указывал на принадлежность. Первоначально Путятин означало «сын Путяты». Такая модель типична для древнейшего пласта русских фамилий, которые закрепились в XV–XVI веках.

История рода Путятиных прослеживается как минимум с конца XV века. Уже в 1510 году дьяк Никита Суморок Путятин был послан во Псков приводить жителей к присяге великому князю Василию Ивановичу. Его сын Григорий Меньшик, дворцовый дьяк, в том же году отправился с дипломатической миссией в Польшу. В XVII веке Путятины служили по Новгороду, а в 1855 году Ефимий Васильевич Путятин получил графское достоинство. Графская и дворянская ветви рода внесены в V и VI части родословной книги Новгородской губернии.

Отдельно существует княжеский род Путятиных — одна из ветвей князей Друцких. Его родоначальник, князь Иван Семенович Друцкой, носивший прозвище Путята, в 1422 году подписывал трактат Литвы с меченосцами. Его сын Дмитрий был киевским воеводой, а от другого сына, Ивана, пошла ветвь, осевшая в Новгородской области. Князья Путятины не раз попадали в поле зрения летописцев: Петр Никитич и его племянник Семен Иванович попали в плен к литовцам под Оршей в 1514 году, Григорий Васильевич в 1570-м был воеводой и послом в Польше, а Григорий Давыдович в 1566–1574 годах управлял Нарвой и Орешком. Позже представители рода занимали высокие посты: Аврам Артемьевич был оренбургским губернатором и сенатором, а Павел Арсеньевич прославился как археолог и антрополог. Княжеский род записан в V часть родословной книги Тверской губернии.

Таким образом, фамилия Путятин объединяет несколько независимых родов, которые могли иметь разное происхождение, но сходились в одном: их предки носили имя или прозвище Путята, а потомки, унаследовав отчество, со временем закрепили его как родовое имя.