Фамилия Пыхонин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Пыхоня восходит к глаголу «пыхать» - «дышать сильно, глубоко и скоро, пыхтеть». Возможно, Пыхоней называли полного человека, которому было тяжело дышать при ходьбе. В таком случае прозвище Пыхоня мог получить гордый человек. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пыхоня, со временем получил фамилию Пыхонин. О точном месте и времени возникновения фамилии Пыхонин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Пыхонин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.