Фамилия Пыхонин произошла от прозвища Пыхоня, а то, в свою очередь, — от глагола «пыхать», то есть «дышать сильно, глубоко и скоро, пыхтеть». Смысл прозвища не сводится к одному-единственному значению, и здесь стоит разобраться подробнее.

Самая очевидная версия — физическая. Пыхоней могли назвать полного человека, которому тяжело дышать при ходьбе, или того, кто заметно пыхтел, поднимаясь по лестнице или занимаясь тяжёлой работой. Такая кличка цеплялась бы к людям плотного телосложения, и в этом случае она носила бы описательный, бытовой характер.

Однако у слова «пыхать» есть и переносный смысл — «пылать гневом», «задыхаться от возмущения». В этом ключе Пыхоня — прозвище гордого, вспыльчивого человека, который тяжело переживает обиду и буквально «пыхтит» от негодования. Эта версия правдоподобна не меньше первой: в русских говорах прозвища часто отражали не столько внешность, сколько характер.

Словообразовательная модель проста и типична для русских фамилий: суффикс -ин присоединялся к основе, оканчивающейся на -а/-я, и указывал на принадлежность роду. Пыхонин — буквально «сын Пыхони», потомок человека, носившего прозвище Пыхоня. Обратите внимание: фамилия сохранила древнюю форму имени-прозвища, которая в современном языке уже не употребляется, и это делает её любопытным свидетельством живой народной речи прошлого.

Родственные фамилии — Пыхтин, Пыхтеев, Пыхов — образованы от тех же корней и различаются лишь суффиксами, но Пыхонин стоит особняком: уменьшительно-ласкательный формант -оня придаёт прозвищу оттенок снисходительной фамильярности. Так могли звать не просто пыхтящего человека, а того, чью манеру дышать или сердиться окружающие замечали постоянно и с лёгкой усмешкой.