Фамилия Пындюра — редкая и неочевидная по происхождению. Её форма сразу указывает на восточнославянскую, скорее всего украинскую или южнорусскую, среду. Суффикс -юра характерен для украинских и белорусских фамилий, образованных от прозвищ или личных имён (сравните: Маслюра, Грицюра, Костюра). Он часто придаёт слову оттенок уменьшительности или, наоборот, пренебрежительности, а иногда просто оформляет прозвище в фамилию.

Основа — «пынд-» — тёмная и не имеет очевидного литературного соответствия в русском или украинском языках. Наиболее вероятная версия связывает её с диалектным глаголом «пындить», который в юго-западных говорах (в частности, на границе Украины и Беларуси) означает «медлить», «тянуть», «капризничать» или «дуться». Человек, получивший прозвище Пындюра, мог быть медлительным, обидчивым или упрямым. В некоторых говорах «пындырь» — это брюква или свёкла, но эта параллель маловероятна для фамилии.

Существует и версия о заимствовании из румынского или молдавского языка, где «pândur» (пындур) означает «сторож», «лесник» или «пастух». В этом случае фамилия могла возникнуть на территории исторической Буковины, Подолья или Бессарабии, где украинское и молдавское население веками жило рядом. Тогда Пындюра — это бывший сторож или лесной объездчик. Эта версия правдоподобнее, так как объясняет необычное звучание корня, нехарактерное для славянской лексики.

Фамилия не зафиксирована в старинных боярских или дворянских списках, что указывает на её происхождение из крестьянской или казачьей среды. Географически она встречается точечно в Черновицкой, Хмельницкой и Винницкой областях Украины, а также среди потомков переселенцев на Кубани и в Ставрополье. Написание устойчивое: через «ы» и с мягким знаком в конце — Пындюра. Ударение падает на второй слог: Пындю́ра.