Фамилия Пыпченко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках распространилась на Левобережной и Слободской Украине, а затем — на юг Российской империи. Суффикс -енко изначально был уменьшительным и означал «сын» или «потомок», то есть Пыпченко — это буквально «сын Пыпки» или «маленький Пыпко». Основа здесь — прозвище Пыпка (или Пыпко), которое и стало ядром фамилии.

Корень «пып-» не встречается в общеупотребительной лексике, но хорошо известен в украинских и южнорусских говорах. «Пыпка» (или «пипка») — диалектное слово, обозначающее маленький вырост, шишку, нарост на дереве, а также бутон цветка. В переносном смысле так могли назвать невысокого человека, ребёнка с пухлыми щеками или того, кто имел какую-то заметную особенность на лице (бородавку, родинку). Прозвище звучало иронично, но беззлобно — скорее, как домашнее имя для младшего в семье.

Интересно, что в некоторых говорах Пыпкой называли индюка или индюшку (по звукоподражанию: «пып-пып-пып»). Это добавляет ещё одну версию: предок мог заниматься разведением птицы или же получил прозвище за манеру поведения — напыщенность, важность. Однако версия с «наростом» или «бутоном» для человеческого прозвища встречается чаще и лучше подтверждается параллелями в других фамилиях (Пупко, Шишко).

Фамилия Пыпченко относительно редкая. Географически она привязана к Полтавщине и Черниговщине — именно в этих регионах активно работала модель на -енко, и именно здесь фиксируются ранние носители в ревизских сказках XIX века. В сословном плане это почти наверняка крестьянская или казацкая фамилия: прозвищные основы редко встречались у дворян, а суффикс -енко характерен для непривилегированных слоёв. Таким образом, носитель фамилии Пыпченко с большой вероятностью происходит из украинского крестьянского или казачьего рода, где предок носил простое, но меткое прозвище, связанное с внешностью или характером.