Фамилия Пыржина — женская форма, а её мужской вариант Пыржин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Пырж, которое могло звучать как Пыржа. Такая модель образования — от прозвища с помощью суффикса -ин — одна из самых распространённых в русских фамилиях, особенно на севере и в центральных областях. Она указывает на принадлежность: Пыржин — буквально «сын Пыржи» или «человек из рода Пыржи».

Что могло означать слово «пырж»? Точного значения в литературном русском языке нет, но в диалектах и говорах встречаются похожие корни. В севернорусских говорах «пыржать» — издавать отрывистые звуки, фыркать, пыхтеть. Человек с таким прозвищем мог получить его за манеру тяжело дышать, ворчать или за резкий, нетерпеливый характер. Другая версия — связь с глаголом «пырять» (тыкать, колоть), и тогда Пырж — прозвище колкого, язвительного человека. В псковских и тверских говорах «пырга» — это мелкая рыба, бычок или пескарь, так что основа могла быть и промысловой: Пыржей называли рыбака или просто невысокого, юркого человека.

В ономастических работах фамилия Пыржин не числится среди древних дворянских родов, её нет в списках боярских фамилий. Скорее всего, это крестьянская или посадская фамилия, возникшая в XV–XVII веках, когда прозвища закреплялись за целыми семьями. Встречается она преимущественно в северных и северо-восточных регионах России — в Вологодской, Архангельской, Кировской областях, что согласуется с диалектной географией корня. Встречается и вариант написания с «ы» — Пыржин, что характерно для фамилий, где не произошло смягчения согласного перед суффиксом.

Таким образом, носительница фамилии Пыржина может считать своим предком человека с живым, возможно, резковатым или деятельным характером, либо связанного с рыбным промыслом на северных реках.