Фамилия Пыршина — женская форма фамилии Пыршин, а та образована от мужского прозвища или имени Пырша. В основе этого прозвища лежит древнерусское слово «пыръ» или глагол «пырнуть». В народных говорах «пырша» — это колючка, заноза, а также бойкий, колкий человек, который «пыркается» (дерзит, задирается). Таким образом, первый носитель фамилии мог получить прозвище за острый язык или неуживчивый характер.

Словообразовательная модель типична для русского севера и центра: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Пырши). В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются на юге и востоке, фамилии на -ин распространены в Новгородской, Псковской, Вологодской и соседних областях. Поэтому географические корни Пыршиных, скорее всего, лежат в северо-западных или северных регионах России.

Менее вероятная, но возможная версия связывает прозвище с диалектным «пыр» — толчок, тычок, удар. В этом случае прозвище могло относиться к человеку, работающему с колющими инструментами (например, с вилами или багром), или к драчуну. Однако в ономастической литературе (в частности, в работах Б. Унбегауна) основным источником фамилий с корнем «пыр-» считается именно характеристика поведения.

Встречаются и однокоренные фамилии: Пырьев, Пыриков, Пыркин. Пыршина отличается от них именно суффиксом -ш-, который в древнерусском языке мог быть уменьшительным или фамильярным. Пырша — это не полное имя, а скорее домашнее, бытовое прозвище, которое закрепилось за родом и передалось потомкам.

В архивных записях фамилия фиксируется с XVI–XVII веков, в основном в переписных книгах северных уездов. Сословная принадлежность предков Пыршиных, скорее всего, была крестьянской или посадской — прозвища такого типа редко встречаются у дворянства, которое чаще получало фамилии от географических названий или крестильных имён.